Aparte de los que uno pueda crear o figurarse :-),  la idiosincrasia del sistema de encadenamiento utilizado en las meta-estructuras de los sistemas de ficheros, hace que estos sean más o menos propensos a sufrir determinados defectos o accidentes que, por lo sensible del área, pueden acarrear problemas y consecuencias más o menos graves.  A continuación mencionaremos los más comunes en los sistemas FAT, que además suelen ser reportados por las utilidades de verificación como scandisk o chkdsk.

1  Clusters perdidos

Este problema, conocido también como de entradas huérfanas.  Generalmente tiene su origen en la interrupción brusca de algún proceso (quizas un fallo de corriente).  Se debe a que existen clusters que están  marcados como utilizados en las tablas FAT, pero en realidad no pertenecen a ningún fichero;  no es posible utilizarlos ni recuperarlos con los comandos normales de manejo de ficheros.

La estrategia de corrección utilizada por herramientas como scandisk, siguen un patrón de comportamiento más o menos como el siguiente:  se saca una copia de la tabla FAT en memoria , y se marcan todas sus entradas que aparezcan como ocupadas con una marca que signifique "utilizada".  A continuación, a partir del directorio raíz, se recorren todos los directorios y ficheros y se van anotando las entradas correspondientes a todos sus clusters con una marca especial en la nueva FAT que indique "Verificada" (significa que pertenece a algún fichero o directorio conocido).  Al final del proceso, se hace una comparación una a una entre las entradas de la FAT original y la copia en memoria.  Todas las entradas de la primera marcadas "ocupada" debe corresponder con una entrada en la copia de memoria con la marca "verificada".  Las que conserven todavía la señal "utilizada" son entradas huérfanas, a las que no corresponde ningún trozo de fichero conocido.

Generalmente el programa de recuperación permite borrarlas directamente (declararlas como "libres") o coger los clusters contiguos y asignarlos a ficheros de nombres aleatorios que son creados al efecto.  Por ejemplo, en el directorio raíz del volumen.  Con las herramientas adecuadas es posible inspeccionar el contenidos de estos ficheros, que suelen ser trozos de ficheros perdidos (o quizás ficheros completos) y tratar de recuperar manualmente la información caso de ser valiosa (generalmente suelen ser trozos de ficheros anteriores borrados, o trozos de versiones anteriores de ficheros actuales).

2  Ficheros de enlaces cruzados

Este problema, conocido como "Cross-Linked Files", aunque generalmente grave y de difícil solución, afortunadamente no es demasiado frecuente.  Consiste en que, en ocasiones, las entradas de directorio de dos ficheros distintos señalan al mismo cluster como punto de inicio.  El problema es que evidentemente, dos ficheros no pueden ocupar el mismo espacio físico en el disco, y cualquier operación realizada sobre uno de los ficheros machaca al contrario.  La única solución es intentar hacer copia de ambos.  Aunque generalmente cuando se descubre el problema uno de los dos ficheros se ha perdido.

3  Fichero o directorio no válido

Se refiere a que en ocasiones, un fichero o directorio no sigue las reglas y convenciones que se supone debe cumplir.  Las inconsistencias pueden ser muy variadas.  Por ejemplo, una entrada de fichero en el directorio correspondiente que señala un cluster no válido (quizás un número fuera de rango);  un directorio que carece de puntero a su directorio "padre";  un fichero o directorio cuyo bit de estado contiene una combinación no válida;  que el campo fecha contenga un valor incorrecto. Etc.  Generalmente los programas de verificación y corrección como scandisk corrigen este tipo de inconsistencias.

4  Errores de asignación o de FAT

En ocasiones las entradas de la FAT pueden estar corrompidas ("Allocation or FAT Errors"), de forma que contienen valores incorrectos.  En ciertos casos, el sistema de copia de la propia FAT permite resolver la incidencia de forma automática.  En caso contrario, el problema puede suponer la pérdida irremediable de datos, aunque la utilidad de diagnóstico que lo ha detectado puede corregirlo para el futuro.