El hecho de que un directorio pueda contener otros directorios, y que cualquier fichero deba estar contenido en un directorio, conduce a que los directorios tienen una estructura jerárquica, y que en cada disco (lógico) debe haber al menos un directorio inicial (que contenga a todos los demás).  Es el denominado directorio raíz, y tiene características especiales:

• Es de tamaño fijo, es decir, puede contener un número fijo de "Entradas" (ficheros o directorios), en cambio los demás pueden tener un número arbitrario [1].  La tabla adjunta muestra el número máximo de entradas en el directorio raíz de distintas unidades:

   

  Disquete 5.25"	360 KB	112
  Disquete 3.5"	720 KB	112
  Disquete 5.25"	1.2 MB	224
  Disquete 3.5"	1.44 MB	224
  Disquete 3.5"	2.88 MB	448
  Disco duro	---	512

• Está situado en un punto predefinido (para que pueda ser encontrado).  En los sistemas FAT es está situado directamente debajo de las FAT [3].  En cambio el principio de los demás directorios (y ficheros) pueden estar en cualquier parte.
• No puede ser borrado.
• No tiene "Padre".  A pesar de ello tiene una entrada "..", pero no contiene la dirección de su padre sino un cero.